L'église de Chavagne-les-Redoux fut incendiée en 1562, comme celle des Redoux, lors des guerres de religion (Chavagne et les Redoux étaient deux communes différentes).

Malgré l'énergie de Richelieu, évêque de Luçon(1606-1623), l'église ne fut relevée qu'en 1936. Le dessous du clocher et la partie occupée par l'ancienne sacristie formèrent alors un transept qu'on relia à la façade du XIIIème siècle. L'église fut à nouveau restaurée en 1982 et c'est à partir de cette date qu'on retrouve un vitrail éclairant le choeur.